病理診断科は、医療の中で特に診断を担当する部門です。患者さんの病気を治療するためには、まず適切な診断が何より必要となります。病理診断は、患者さんの病変部位から採取される臓器、組織や細胞から顕微鏡用の標本を作製し、この標本を観察して病気の診断を行います。病理診断は多くの場合最終診断としての役割を担っています。そしてこの病理診断を専門とする医師が病理医です。（病理診断は、医師免許が必要な医療行為です）
病理診断には以下のようなものがあります。

胃や大腸の内視鏡を行った際に、病変部より粘膜の一部を採取されたり、皮膚のできものを切り取られた方もいると思います。この切り取られた組織を顕微鏡標本にして、病変が何であるのかを診断（病名、良性か悪性かなど）するのが組織診断（とくに生検組織診断と呼ばれています）で、この診断はその後の治療方針に役立てられます。
また組織診断には、手術で摘出された臓器（胃がんのため取られた胃など）を標本にして診断するものあります。これはどのような病気がどれくらい広がっているか、手術で取りきれたのか、どのような追加治療が必要かなどの情報を臨床医に提供します。さらに、人員と機器が備わっている当院、当科の様な施設でのみ可能な術中迅速診断があります。これは術前には診断できなかった病変の診断や、転移の有無、病変が取りきれたかどうかなどの診断を手術中に15分程度で行う組織診断で、この診断によりその後の手術方針が決定されます。また、必要に応じて免疫組織化学（免疫染色）などの特殊検査を行い、診断精度の向上に努めます。

肺がんや膀胱がんでは、痰や尿の中にがん細胞が混じることがよくあります。この痰や尿のなかにがん細胞があるかどうかを診断（判定）するのが、細胞診断です。細胞診断には、細胞を擦り取ってきたり（子宮がんなど）、しこりより針で吸い取ってきたり（乳がんなど）して、診断するものもあります。

不幸にして病院での治療中に亡くなられた方に対して行われるのが病理解剖です。これはご遺族のご理解とご承諾のもとに、主治医の依頼により解剖資格を有する病理医により行われます。肉眼による診断に加えて組織標本による診断を行い、病気の診断や治療が正しかったか、亡くなられた死因はなんであったかなどを検索します。
また、病理検体、細胞診検体を用いた遺伝子検査を実施しています。

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