上越地域の中核病院である当院消化器内科は、①消化管疾患、②胆膵疾患、③肝臓疾患の3領域の最先端診療に積極的に取り組んでいます。特に地域がん診療連携拠点病院として、消化器がんに対する診断および治療に力を入れています。
2015年9月に5つの内視鏡室（うち2つは内視鏡治療室）と2つの透視室を備えた内視鏡センターが新たにオープンしました。ゆったりとした待合スペースやリカバリーベッドを備えており、安全かつ高度な検査・治療を患者さんに提供できるようになりました。

当科では病診連携を進めており、安定した病状の患者さんの日常診療については、「かかりつけ医」である開業医の先生方に御紹介させて頂いております。その場合でも、緊急時や専門的な検査・治療が必要な時には当科で行うのは今までどおりです。
初診の患者さんにつきましては、スムーズな検査・治療計画のため、原則としてかかりつけ医の先生方からの予約・紹介状を御持参くださいますようお願い申し上げます。

食道癌、胃癌、大腸癌に対する早期発見・早期治療を積極的に行っています。内視鏡部門では、より詳細な診断が可能となる拡大内視鏡やNBI観察、また特殊染色観察を術前に行い的確な診断・治療に繋げています。更に消化管腫瘍に対する内視鏡的粘膜下層剥離術（ESD）を早期から導入し安定した治療成績が得られています。現在では食道・胃・大腸合わせて年間200例以上のESDを行っております。今後も、体に負担の少ない低侵襲性の内視鏡治療を安全かつ確実に提供できるように、消化器内科医、看護師とともに研鑽を積みチーム医療を展開していく予定です。
良性疾患では、胃・十二指腸潰瘍に対する内視鏡的止血術やピロリ菌除菌療法などの治療を従来から行っており、また3次救急施設であることから吐血・下血の紹介が多いのが特徴です。
最近増加傾向の潰瘍性大腸炎やクローン病といった慢性炎症性腸疾患（IBD）についても、専門医が診察し患者さんごとに適した治療方法を提供しています。

胆管癌などの胆道系腫瘍や膵臓癌に対してERCP、超音波内視鏡（EUS）や超音波内視鏡下穿刺吸引術（EUS-FNA）を組み合わせて治療方針を決定しています。病状に合わせてチューブステントやメタリックステントなどの減黄術を行っています。治療については当院の肝胆膵外科や放射線治療科、外来化学療法室と連携して適切な治療を選択しています。2015年に内視鏡センターがオープンし、最新の超音波装置や透視装置（Cアーム）が導入され威力を発揮しています。
また多数の患者さんが受診される胆嚢結石・総胆管結石などの胆道結石に対しては、穿刺ドレナージ術や内視鏡的治療を行っております。

肝疾患では、C型慢性肝炎や肝硬変に対するインターフェロンフリー治療（内服薬）、B型肝炎に対する抗ウイルス療法を中心に、急性肝障害から慢性肝疾患、肝臓癌の診断・治療まで幅広く行っております。特にC型慢性肝炎に対する抗ウイルス療法は画期的な進歩を遂げており、極めて高い割合でウイルスの駆除ができるようになりました。これらの抗ウイルス療法は主に内科外来で行っており、看護師、薬剤師、栄養士などによるチーム医療を推進しています。またウイルス性肝炎以外の肝疾患についても、病態に合わせた専門治療を行っております。
肝臓癌については、各種検査をもとに手術、ラジオ波焼灼術、肝動脈塞栓術、定位放射線治療などの局所治療を選択し必要に応じて化学療法や分子標的薬の投与も行っております。